Денис Дерепко

Делайте как можете, в процессе скорее всего будут мысли как что-то упростить/улучшить. Постепенно будете понимать для чего было сделано так, а не иначе. Тупое повторение почти ни к чему не приведёт

Читайте про шаблоны проектирования и вникайте

Полезно почитать Совершенный код

Также я не понимаю в каком случае нужно делать API сервер, а в каком случае обычный сервер

Скорее backend, а не сервер. API делается для упрощения поддержки. У вас получается единая точка для работы с сайтом, с которой может взаимодействовать фронтенд (например делая AJAX запросы), мобильное приложение и всякое другое

Я знаю о таком шаблоне как MVC, но я все равно не понимаю почему он именно такой, и почему именно так устроен.

У всего есть причина и это значит, что шаблон решает какую-то проблему. Есть много других шаблонов (например MVC, MVVC), для веб приложений MVC - простой способ разделить обязанности, но никто не обязывает вас следовать ему, можете попробовать другие шаблоны

Наверное есть смысл использовать CMS, когда нужно часть добавлять какой-то контент или его обновлять. Если у вас мало страниц/контента или он редко обновляется, то использоваться CMS/CMF нет смысла