Как отследить на каком ты доменном имени находишься и выдать alert на JS?

вы проверьте или у вас тут info включено joxi.ru/BA047abhJeOR1A

Текст вылезает за рамки header'а. Что делать?

Не увеличивать. Зачем увеличиваете? вы хоть не адаптивность так проверяете?
Задайте размер шрифта в px, или высоту блока зависимую от шрифта, например в em, или не используйте фикс высоту.

Как определить сколько файлов внутри папки при загрузке?

https://jsfiddle.net/bya6syd5/2/

Как определить сколько файлов внутри папки при загрузке?

если для папки то вот
https://stackoverflow.com/questions/5826286/how-do...
тут можно посмотреть код html5-demos.appspot.com/static/html5storage/demos/...
в e.target.files; инфа о файлах
и length покажет вам количество

Как определить сколько файлов внутри папки при загрузке?

var fileInput = document.getElementById("myfileinput");
var files = fileInput.files;
files.length //тут будет количество файлов

тут https://codepen.io/anon/pen/xYBQKb для фото в консоли пишет количество файлов

Как решить две проблемы: (1) прокрутка фона Popup и (2) выползание сайта за экран?

сделайте модальные окна с использованием dimsemenov.com/plugins/magnific-popup
там все это есть. И не будет такого дублирования js для каждого окна

Почему top: -50px не работает на safari iOS?

даже в хроме при обновлении страницы не правильно высчитывает высоту joxi.ru/823jJg8uJWVK0m
после клика по слайдеру стрелочки становятся на место.
Намучаетесь вы с такой версткой. Пробовали смотреть с навигационными панелями, у меня так на моб телефоне выглядит как на скрине joxi.ru/VrwQLpecOxNXa2

Как сохранить состояние чекбоксов и селектов?

попробуйте сделать фильтр с помощью плагина https://ru.wordpress.org/plugins/search-filter/
А если не подходит, тогда разбирайте рабочий код и смотрите как там сделано (например код плагина)

Как по нажатию открывать один вопрос, а закрывать другой?

тогда так и привязывайтесь через классы
https://codepen.io/anon/pen/KQyJYP

Как по нажатию открывать один вопрос, а закрывать другой?

Переписать всё, или использовать плагин. Если 20 вопросов будет, вы его 20 раз скопируете?

Как избавиться от прокрутки снизу?

100vw включает в себя ширину скролла. В вашем примере блоки шире чем body

Как поправить css верстку?

я бы сделал так https://codepen.io/anon/pen/JpJQyV

Почему мобильный сафари приближает некоторые элементы при тапе?

норм вариант с задержкой в 300мс, раньше так было в owl carousel, сейчас не знаю.

Почему мобильный сафари приближает некоторые элементы при тапе?

тогда пробовать что то с этого https://stackoverflow.com/questions/37808180/disab...

Как передать массив в PHP через AJAX и отправить его на email?

вообще для формы есть .serialize() если вы файлы не отправляете.
а остальные данные можно в скрытые input добавить

Как передать массив в PHP через AJAX и отправить его на email?

тут тоже не правильно

$message = "Id: $id \nSuper: $super \nPuper: $puper \nИмя: $name \nE-mail: $email";

нужно
$message = "Id:" . $id . "\nSuper:" . $super;

Можно ли объединять картинки в фотошопе при верстке?

если не планируете делать круг стилями, тогда можно

Как сделать необычную форму обратного звонка?

в сафари(что в телефоне,что на маке) полный писец) картинка поворачивается, и просто лицевая сторона зеркалится.не знаете почему так?

У меня нет возможности в сафари посмотреть.

чтобы при отправке форме,картинка поворачивалась обратно

смотря как форму отправляете. нужно вызвать
$('.card').toggleClass('flipped');

Как сделать необычную форму обратного звонка?

и форма почему то без отступов(

родительскому блоку формы добавить padding, можно для back

Скажите где ошибка,я поправлю

наверно нет ошибки, просто стили для формы нужно добавить.

он почему то из визуального редактора пропадает

значит редактор вырезает.
Добавляйте картинкой, или другим способом добавления svg

Как сделать необычную форму обратного звонка?

а вот js не работает.

добавьте закрывающие скобки в конец скрипта
});