В установке JIRA на домашнем компьютере нет ничего страшного - версии есть и под unix и под windows
Вы ставите ее, как обычное приложение и потом забываете - никаких проблем ни с tomcat ни с чем там нет. Ну если только добавить ей памяти - очень java ее любит
По поводу облака: вы платите 30$ в месяц, тогда как дома вы платите 10$ в год, причем за любой плагин к ней те же 10$ в тот же год.