tuttofatto

Для начала подключите мониторинг доступности сайта (сервисов - масса, например https://www.webgazer.io/ или https://updown.io/), так вы узнаете точно падает ли сайт и врет ли вам хостер. Если точно не падает - тогда уже смотреть дальше.

NS записи домена должны указывать на тот DNS сервер, который будет отвечать за этот домен.
Именно на NS серверах лежат все записи про этот домен - его MX записи, А-записи его поддоменов и так далее.

Вы можете делать как угодно, вопрос удобства - через какую панель управления хотите управлять своим доменом.

Это или ручные, или автоматические сканеры безопасности на основе известных "дыр".
Пропишите правила, чтобы не нагружать CPU-хостера и все.