Сергей Тихонов

1. Добавьте второй входной аудиофайл с помощью -i и укажите кодек (-c:a libfdk_aac).
   
2. Смотрите фильтры overlay и scale. Белую подложку можно получить либо отдельной картинкой через -i (проще), либо через генератор (lavfi input).
   

Попробовал на свежем мастере ffmpeg, коробит.

ffmpeg -i logo.png -filter_complex "[0:v]scale=1920:1080[out]" -map '[out]' out.png

. Было лого квадратным, стало прямоугольным. Однако display aspect ratio остался равным 1, а pixel aspect ratio поменялся на 0.56:

Width                                    : 1920
Width                                    : 1 920 pixels
Height                                   : 1080
Height                                   : 1 080 pixels
Stored_Height                            : 1088
Sampled_Width                            : 1920
Sampled_Height                           : 1080
Pixel aspect ratio                       : 0.562
Display aspect ratio                     : 0.999
Display aspect ratio                     : 0.999
Original display aspect ratio            : 1.000
Original display aspect ratio            : 1.000

Добавление -aspect 1.7778 решает проблему.

А туда же добавить sin(in_time) не?

Ну вообще должно получиться 5 отдельных качеств, в каждом - 8 аудиодорожек и 1 видеодорожка, каждая своего размера и битрейта. Т.е. берете вашу команду и меняете в ней битрейт и размер кадра.
При этом ваша команда делает mp4-файл, из него можно сделать HLS с помощью nginx-vod-module, либо переделать команду ffmpeg так (-f hls), чтобы сразу получить набор TS-сегментов плюс индексный M3U8-файл.

asetpts + amerge

Аудио в исходнике есть? Если да, то его длительность осталась несколько часов.

Ответ в вики

Есть.
Нужно собирать из исходников, там ничего сложного.

Можно. Первым шагом нужно создать 10 видеофайлов "картинка + видео". Вторым шагом - сконкатенировать их в одно видео.