Спасибо всем, кто откликнулся. Прошу прощения за глупый вопрос, не было понимания, как конфигурировать дебаг консольных скриптов на Yii.
В Run\Debug Configurations в секции File было необходимо указывать
не путь до скрипта, который хочется отладить, а до файла
yii в корне проекта. И в секции arguments указывать controller/action.
Надеюсь, кому-нибудь это поможет.