Сделайте службу, которая будет работать с повышенными правами. Если приложению нужно выполнить задачу с правами администратора, вместо неё это делает служба.
Значки в области уведомлений "залипают", если программа, их показывающая, не умеет их правильно удалять. А Windows, как может, их удаляет в момент обращения. Проведите мышкой — лишних не будет .