Файлы Скрытый, Системный. Установите файловый менеджер, который позволяет такие увидеть (например, Far Manager). Посмотрите эти папки. Удалите или измените атрибуты, как вам необходимо.
Проверьте диск через "Свойства", "Сервис".
Потом будем пробовать удалить так: RMDIR \\?\Е:\Пусто.