YouTrack исконный багтрекер, в то время как JIRA многие крупные компании (яндекс, билайн, газпром, альфа-банк) используют не только как багтрекер, но и как некую замену CRM (поле допилки, конечно) в связке с другими продуктами Атлантис (например конфлюэнс и т.д.)