toxa82

git fetch
git checkout <branch>
git merge origin/<branch>

git submodule init
git submodule add <repo-url> <path/dir>

Так помечаются изменения в субмодуль проекта, т.е. один репозиторий использует другой, перейдите в эту папку и там сделайте git add и git commit.

Основная функция git checkout это перемещать указатель HEAD, т.е. то куда смотрит ваша локальная копия. Вы можете переместить его на вершину ветки: git checkout <branch> или на отдельный коммит: git checkout <sha>Ну а вспомогательные это создание веток:git checkout -b, отмена изменений в файле:git checkout -- <file>

Вы неправильно поняли второй вариант git pull --rebase origin master,
он убирает ваши локальные коммиты, обновляет ветку (обычно это fast-forward), и потом после обновления снова применяет ваши коммиты.
А git fetch обновляет ваш origin репозиторий, но не применяет полученные изменения с вашими рабочими копиями