require у вас работает, иначе ругалось бы на нём. Вы вызываете $pdf=new FPDF(); находясь в нэймспэйме app\models, надо вызывать так $pdf=new \FPDF(); или указать название класса FPDF с нэймспэйсами если у него они есть
git filter-branch --tree-filter 'rm -f passwords.txt' HEAD
Подробнее в пункте "Удаление файла из каждого коммита"
Учтите что вы меняете историю и git push вам не разрешат сделать, надо будет делать git push -f. Остальные в команде должны будут сделать
Какой эффект вы ожидаете? У вас весь вывод перенаправляется в файл, плюс к этому амперсанд в конце уводит скрипт в фон. Соответственно в переменной $output ничего не будет.