Там есть лимит времени на ответ по колбэку, не знаю как сейчас, но пару лет назад это было 10 сек. Если не успеваешь ответить то получаешь такую ошибку как у вас.
mysql server has gone away это ошибка когда у вас запустился скрипт, вы подключились к БД, потом долгое время её не используете (например распаршиваете файл и подготавливаете данные), и по истечении времени (wait_timeout) БД закрывает коннект, а вы пытаетесь с ней работать. Тут несколько вариантов решения, или проверять соединение и переподключаться при обрыве, или увеличивать время в настройке wait_timeout.
require у вас работает, иначе ругалось бы на нём. Вы вызываете $pdf=new FPDF(); находясь в нэймспэйме app\models, надо вызывать так $pdf=new \FPDF(); или указать название класса FPDF с нэймспэйсами если у него они есть
git filter-branch --tree-filter 'rm -f passwords.txt' HEAD
Подробнее в пункте "Удаление файла из каждого коммита"
Учтите что вы меняете историю и git push вам не разрешат сделать, надо будет делать git push -f. Остальные в команде должны будут сделать