Не знаю как вшить это внутрь самого JS, но можно в рамках документа или шаблона отрабатывать тот или иной сценарий:

[[*template:is=`12`:then=`выводим если шаблон равен 12`:else=`выводим если шаблон не равен 12`]]]] 

[[*id:is=`1`:or:is=`2`:or:is=`3`:then=`выводим если ID документа равен 1 или 2 или 3`:else=`выводим если ID документа не равен 1 или 2 или 3`]]]]

В данные конструкции можно подключать отдельные скрипты, которые будут выполняться на нужных страницах.