Нашел решение сам: нужно было создать 2 класса — глифы по-умолчанию и альтернативные (я назвал ss01 и ss012). Затем в features написал следующий код:
feature ss01 {
# Stylistic Set 01–20
script latn; # Latin
lookup ss01_latn {
sub @ss01 by @ss012;
} ss01_latn;
} ss01;
Точно также делать для каждого последующего стилистического набора (stylistic set, ss). Соответственно каждому стилистическому набору соответствует ss01, ss02, ss03 и т.д. Именно по ним Word и находит нужные символы. Надеюсь кому-то это пригодится.