Есть три основных варианта.
1. Правильный: Соблюдать принцип единственной ответственности.
Т.е. если есть какая-то модель и к ней можно дополнительно прикреплять картинки, то заведите отдельный класс для формы загрузки, в ее свойствах можно отдельно указать набор свойств для модели и отдельно - загружаемые файлы.
Собственно в правилах валидации формы проверять файлы на соответствие форматам. При сохранении формы отдельно валидируйте-сохраняйте файл(ы), и отдельно - модель.
www.yiiframework.com/doc-2.0/guide-input-file-uplo...Если файлы станут самостоятельной сущностью - заведите для них отдельную AR модель.
2. Менее правильный: исправить ошибку в текущем решении.
Проблема в том, что ваш метод uploadMyFiles вызывается до валидатора. Соответственно, можете вызывать его не в контроллере, а в методе модели afterValidate (он будет вызываться перед сохранением модели и после прохождения всех валидаций).
3. Прочие способы (наименее предпочтительно).
В валидаторе file можно задать сценарий при котором он (не) будет отрабатывать, после загрузки - менять сценарий на тот, при котором валидатор не работает. Другой вариант - использовать готовые решения. Еще один вариант - заменить валидатор на кастомный, который будет проверять файл на соответствие форматам и вызывать последующую загрузку.