tixata

It is not possible to re-include a file if a parent directory of that file is excluded. Git doesn’t list excluded directories for performance reasons, so any patterns on contained files have no effect, no matter where they are defined.

Можно только добавить разово .pub руками.

Используй -f ключ:
git add -f states/project1/keys/pk1.pub

Если файл игнорируется, то git add не будет делать автодополнение (в моем случае есть плагин для git - он не работает). Но однажды добавив его - изменения будут отслеживаться

В каждую директорию keys добавить свой гитигнор следующего содержания

*
!.gitignore
!*.pub

Либо попробовать в корневом

**/keys/*
!**/keys/*.pub

Первый вариант стопроцентный. Второй - хз.