1. для организации и систематизации давно использую mindmaps (FreeMind, XMind, Mindjet) - при навыке, позволяет огромное количество информации разгрести и структурировать. Читать документацию и тех.литературу, одновременно с составлением mindmap - это очень полезно.
2. после того, как понял, что эмоционально прилипаю к хабру/LOR/вконтактику в поисках новостей - поставил TT-RSS на локальном сервере и перетащил все источники информации туда - через какое-то время, освободилось внимание, т.к. пропала масса чисто эмоционального/маркетингового/политического мусора, который обычно сопровождает полезную информацию при "лобовом" поиске. Ещё есть готовые решения, типа Feedly и т.п.
3. после того, как надоело делать бесконечные TODO где попало, поставил Redmine на локальном сервере - даже для проектов не касающихся IT. Ещё есть Trac.
4. когда понял, что, во всех браузерах, количество закладок зашкаливает, при полной невозможности найти нужную информацию, поставил SemanticScuttle на локальный сервер (ещё есть готовые GoogleBookmarks, Evernote и т.п.) и продумал тэги, а после разгребания закладок, появилась привычка минуту подумать над тэгами и положить закладку на своё место сразу-же.