В зависимости от версии компилятора, от флагов оптимизации и используемых библиотек, конечный бинарник может получаться разным, поэтому вы можете сравнить только воспроизведя оригинальную среду, в которой создавался бинарник.
Частным случаем проверки можно считать цифровую подпись, как доказательство того, что текущий бинарник компилировался именно автором (компанией), а не кем-то, кто взял исходники и скомпилировал у себя, добавив что-то лишнее.
А если взять например java, там в .jar файл еще куча timestamp добавляется при сборке, поэтому КАЖДЫЙ раз будет разный хеш у бинарника.
