Если везде белые ip от провайдера, строите ipip. Проще всего строится. Прописываете в настройках маршрутизации маршрут к сети филиала через этот тонель на главном микротике и обратно на филиальном и все тут же работает.
А вообще в первую очередь читайте про маршрутизацию что это, как работает и для чего нужна. Ибо без знания этого не вижу смысла лезть во всякие VPN тонели. Впн то поднимите, а почему не работает ничего, не поймете.