если у вашего роутера мту стоит меньше 1500 то скорее всего у вас pppoe/pptp и это нормально. да пакеты большего размера будут фрагментироваться, для 99% ситуаций это абсолютно нормально, роутер сам будет делать это за вас и вы ничего не заметите.
зависит от вашего подключения, да и фрагментация вам вероятнее всего вообще никак не влияет, кроме нагрузки на процессор роутера и то она минимальна.
а при чём тут физический/канальный уровень? он в данном случае просто труба. через которую проходят пакеты меньшего размера. только и всего.
В теории у вас по пути пакета может стоят несколько десятков роутеров/коммутаторов, и вполне возможно на каком-нибудь из них MTU будет вообще 900 или меньше. на целостность данных это никак не влияет, просто вы отправляете допустим 10 пакетов по 1500 байт, у которых 20 байт - заголовок tcp/ip и 1480 байт тело, итого 14800 байт данных, без заголовков, по пути они разобьются на 14800/880 (mtu 900 - 20 байт заголовка) = ~16.8, округляем и получаем 17 пакетов по 900 байт. тело пакета просто будет разбито на куски поменьше и в таком виде дойдёт до принимающей стороны