Для общения с клиентом можно использовать что угодно, в т.ч. Skype, это вы уже договариваетесь в личной переписке.
Однако важная информация, связанная с работой, всегда должна быть во внутренней переписке (в частности, все ТЗ, отчеты по работе и т.п.), иначе в случае каких-то проблем с клиентом сложно будет что-то доказать.
