Единственное, что хоть как-то помогло загрузить все ядра - это увеличение кол-ва шардов (был один, стало 4).
Большее кол-во шардов не дает прироста, меньшее - не загружает все ядра.
При этом так до конца и не понял, почему. Т.е. в принципе можно попробовать обьяснить - могут быть блокировки шардов на запись при индексации, но вроде как по доке такого поведения быть не должно.