Я создал новый поддомен, изначально сделал его без HTTPS.
На следующий день в меню ISP Manager Настройка -> Адреса панели добавил дополнительный адрес, там же создал для него новый сертификат с помощью Let's Encrypt.
Прикол состоит в том, что данный сертификат потом не отображается в списке сертификатов в панели.
Руками нечего не делаю, все само обновляется.
