Больше похоже на проблемы с сетями, чем с самим контроллером. Чтобы совсем корректно вывести DC из домена, необходимо, чтобы он функционировал и репликация шла без ошибок. Проверьте настройки сети и DNS на самих контроллерах, между сетями точек A и B, и на машине, с которой управляете доменом. Есть вариант принудительно удалить контроллер B - захватить все роли контроллером A и прямо с него удалить B, а потом вычищать метаданные через NTDSUTIL, но этого лучше избегать, если есть шанс сделать все по уму.