Как вылечить систему от бесконечного BSOD?

Можно еще посмотреть раздел HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\MountedDevices и сравнить с работающей системой.

Или проверить правильно ли пересоздался BCD.
bcdedit /enum /store C:\Boot\BCD

В device и osdevice должно стоять partition=C: (там где папка винды и откуда он берет \Windows\system32\winload.exe)

Если там они определились как unknown, надо переименовывать папку C:\Boot и пересоздавать заново.