Так как обмен с 1С происходит с большим количество товаров и характеристик, то синхроназция файлами не получится. У вас будут очень большие файлы, которые буду грузиться на сайт, где движок должен разобрать и обновить каталог. Слишком большой файл php может не прожувать.
Советую попробовать Электронный заказ (
https://ez-catalog.ru/ezcatalogcms-about.html).
В ней есть программа-редактор для работы с каталогом/заказами и движок сайта. 1С будет напрямую в программу выгружать каталог (через внешную обработку), а программа загрузит их на сайт. Через запросы, без каких-либо дополнительных файлов импорта/экспорта. Поэтому синхронизация между сайтом и 1С пройдет нормально.