tatar3005

В общем проблему решил сам, без посторонних плагинов. Для того чтобы включить куки:
1) Идем в /platforms/android/src/ru/youdomain/yourapp/
2) Открываем MainActivity.java в любом текстовом редакторе
3) Исправляем этот код:

package ru.youdomain.yourapp;

import android.os.Bundle;
import org.apache.cordova.*;

public class MainActivity extends CordovaActivity
{
    @Override
    public void onCreate(Bundle savedInstanceState)
    {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        // Set by <content src="index.html" /> in config.xml
        loadUrl(launchUrl);
    }
}

Вот на этот:

package ru.youdomain.yourapp;

import android.os.Bundle;
import android.webkit.CookieManager;
import org.apache.cordova.*;

public class MainActivity extends CordovaActivity
{
    @Override
    public void onCreate(Bundle savedInstanceState)
    {
		CookieManager.setAcceptFileSchemeCookies(true);
        super.onCreate(savedInstanceState);
        // Set by <content src="index.html" /> in config.xml
        loadUrl(launchUrl);
    }
}

4) Радуемся включённым кукисам :)

То есть по сути я просто добавил две строчки, которые разрешают использовать нам куки.
Пользуйтесь на здоровье!