Я бы предложил:
1. Перекомпиляции основную прогу под Linux
2. Можно сделать http клиент, который будет работать с оборудованием и с ним потом взаимодействовать (тут можно сказать, что барин знает толк в извращениях)))
Первый вариант предпочтительнее.
