Для nginx в конфиге прописан пользователь www, но сейчас nginx запускается из-под рута,
1. зачем было менять дефотного юзера, www создан?
2. а как по вашему должен стартовать nignx?
Рекомендую к прочтению. Так же уделите внимание на
master process и
worker process
3. Надеюсь, что к настройке php5-fpm был подход с толком и поэтому для каждого домена был создан свой пул. Ну так вот, в пуле php5-fpm требует валидных
user и
group для document root.
4. Подводя итог, права на папки - 755, на файлы - 644, owner user:group
hint:
find /var/www/vhosts/myperfectwebsite.com -type d -exec chmod 0755 {} \;
find /var/www/vhosts/myperfectwebsite.com -type f -exec chmod 0644 {} \;
совет: эта тема очень важна, поэтому на неё стоит потратить 2-4 часа.