• Добавить в проект https://github.com/Tucker-Eric/EloquentFilter
  
• Выполнить php artisan model:filter App\\Employe
  
• В созданном фильтре добавить нужные методы для фильтрации по relation-у (он это умеет, смотрите документацию)
  
• В контроллере поправить
  

public function index(Request $request) {
     return Employe::with('tags')
          ->filter($request::all())
          ->paginateFilter($request->get('limit'));
}