DU показывает не размер файлов и папок, а сколько они занимают на диске.
Например, если на втором диске у вас размер блока больше, то du всегда будет показывать больше.
В вашем случае, лучше синхронизируйте все по rsync с компрессией - надежнее. И вообще готовых решений по синхронизации двух каталогов, которые уже позаботились о всех детских болезнях, типа имен файлов с опасными символами, и другими штуками - множество.
Можно и одностороннюю синхронизацию сделать.
Или упростите скрипт, например до такого
find DIR1/* -exec md5sum {} \; > file1.lst
find DIR2/* -exec md5sum {} \; > file2lst
diff file1.lst file2.lst
