Самый простой и универсальный для всех типов файлов способ - ежедневно/еженедельно сверять контрольную сумму и сигнализировать если она изменилась.
Ещё можно играться с архивным атрибутом файлов.
Всё это гораздо менее ресурсозатратно чем тестировать каждый документ архиватором.
Да, на абракадабру не проверит, но это можно сделать вторым этапом