Точно такая же проблема.
При этом, порты, на которые ругается Vagrant, свободны на хост-машине.
Мне помогло следующее.
В Homestead.yaml добавил строку
default_ports: false
Строка отключает дефолтный мэппинг портов.
После этого команда vagrant up упала по таймауту, но это решилось настройкой ВМ в VirtualBox - там в настройках сети виртуальной машины нужно выбрать первый адаптер и (в разделе "Дополнительно") поставить ему галочку "Подключить кабель".
Да, ещё одно. Некоторые мэппинги всё же нужны (3306 => 33060 для mysql). Их можно добавить вручную в меню "Проброс портов" всё в той же вкладке "Дополнительно" в настройках сети ВМ.