Обучающие программы и те программы, которые учёные будут использовать в работе, будут сильно отличаться.
В области вычислительной химии я бы посмотрел в сторону
Spartan. Достаточно наглядный инструмент, который показывает, как молекула принимает оптимальную конформацию и как из этого получаются инфракрасные спектры.
Дальше мы уходим в область обучающего и развлекательного софта. Для понимания и наработки интуиции в области квантовой механики я бы рекомендовал
Quantum Moves или
Quantum Game.
Фактические расчёты для научной работы реализуются в системах компьютерной алгебры типа Mathematica или в любых языках программирования, удобных для численных расчётов (Python, MATLAB или R).