supkiler

Вы перезаписываете this.interval каждый раз при создании нового, а значит при остановке очищается последний созданный интервал.
При вашей архитектуре выходит нужно хранить айди интервала в самом объекте-стейте пункта, так же как и время.
Типа такого(сама идея, если нужно под себя доработайте):

if(!oldItem.time){
        const IntervalId = setInterval(() => {
      
          if (oldItem.sec < 59) {
            oldItem.sec++;
          } else {
            oldItem.sec = 0;
            oldItem.min++;
          }
    
          this.setState(({ todo }) =>{
            const newItem = {...oldItem,
              min: oldItem.min,
              sec: oldItem.sec,
              time: true,
              intervalId: intervalId
              }
              const newstate = [
                ...todo.slice(0,xid),
                newItem,
                ...todo.slice(xid + 1)
              ]
              return {
                todo: newstate
              }
          });
        }, 1000);
      }

Ну и потом сбрасывать тоже из айдишника интервала который внутри объекта хранится.