Изменить структуру сайта, дизайн, верстку нет возможности, но получится переписать тексты.
Одинаковые дизайн и верстка не являются препятствием или существенным минусом. На любой CMS существует огромное количество сайтов с одинаковым дизайном/структурой, но совершенно разным контентом.
Какие меры предпринять для разделения сайтов?
Контент Вы собрались переписать, как вариант еще можете сменить хостинг/сервер или просто для другого сайта взять новый ip. На новом сайте не должно быть хвостов от старого, например, в футере телефон и адрес той же организации, что и на первом сайте.
На отдельном домене, сайт ориентированный под продвижение в другой стране, будет удобнее двигать. Но Вы столкнетесь с теми же сложностями, что возникали при продвижении первого сайта, фактически Вы начинаете с нуля. Но в перспективе иметь два качественных сайта, в одной тематике, с хорошими позициями в разных регионах - очень интересно и принесет хороший профит.
Если Вы не уверены, что времени и ресурсов хватит на продвижение нового сайта, можете на существующем сайте начать понемногу размещать контент заточенный под запросы аудитории из другой страны. Учитывая один язык и общую тематику, это вполне возможно и может показать достаточно быстро неплохие результаты.
Как реагируют поисковики? Возможно ли падение в выдаче украинского сайта или затрудненное продвижение российского?
Если второй сайт не будет явной копией первого, там будет качественный контент, а не поверхностный рерайт, не будет никаких признаков указывающих на попытки манипуляции с выдачей, дублирование контента и прямых указателей на принадлежность к одной организации, то для поисковиков это будет два абсолютно разных сайта, никак не связанных между собой и отнестись они к ним должны нормально. Один на другой не должен влиять.
или затрудненное продвижение российского?
Поскольку украинский сайт на русском языке и заточен под ру запросы, то он может быть на неплохих позициях и в Российских регионах, поэтому по отдельным запросам может конкурировать с Вашим новым сайтом, который планируется затачивать исключительно под продвижение РФ. Но это обычная конкуренция разных сайтов в выдаче.
