Включу телепата и предположу, что вы оставили настройки автопрефиксера по умолчанию и сейчас не видите на выходе префиксов для свойств, которым они уже давно не нужны. Например -webkit-border-radius.
Это не значит, что автопрефиксер не работает. Он на то и авто, что добавляет только актуальные префиксы, а ненужные удаляет.
