Беда твоя в админке. Автоматическое поле для tags автоматически тэги удаляет.
Если можно в твоей ситуации это поле безболезненно удалить, советую это сделать.

Ну и помощь:

class Tag(models.Model):
    name = models.CharField(verbose_name=u'Tag', max_length=200, unique=True)
 
    def __unicode__(self):
        return self.name
 
class Entry(models.Model):
    title = models.CharField(verbose_name=u'Entry title', max_length=200)
    tags_string = models.CharField(verbose_name=u'Tags', max_length=200, blank=True)
    # Обрати внимание на editable=False
    tags = models.ManyToManyField(Tag, null=True, blank=True, editable=False)
 
    def __init__(self, *args, **kwargs):
        super(Entry, self).__init__(*args, **kwargs)
        # Инициализируем строку ``tags_string`` значениями тэгов
        if self.pk:
            self.tags_string = ', '.join(self.tags.values_list('name', flat=True))
 
    def save(self, *args, **kwds):
        super(Entry, self).save(*args, **kwds)
 
        names = set([name.strip() for name in self.tags_string.split(',')])
        current = set(self.tags.values_list('name', flat=True))
        # Не только добавляй, но и удаляй тэги
        exclude = current - names
 
        for name in names:
            tag, created = Tag.objects.get_or_create(name=name)
            self.tags.add(tag)
        for name in exclude:
            tag = Tag.objects.get(name=name)
            self.tags.remove(tag)
 

админка:

class EntryAdmin(admin.ModelAdmin):
    model = Entry
    list_display = ('title', 'tag_list')
 
    def tag_list(self, obj):
        return ', '.join(obj.tags.values_list('name', flat=True))
 
admin.site.register(Entry, EntryAdmin)

И не хочешь ли ты использовать django-taggit или django-tagging?