Не помогу с онлайн репликацией файловой системы, но вот значительно (на порядки) ускорить процесс резервного коприрования и получения дифов - использование btrfs и его снапшоты
Делаете регулярные снапшоты, хоть поминутные (но лучше интегрировать их создание как то в логику приложения, например когда не происходит записи, так как момент создания снапшота не требует времени, это не повлияет значительно на работу программы, но зато сам снапшот бьудет содержать консистентные данные), затем сравниваете самый ранний неотосланные с последним на primary:
btrfs send --no-data -p /snapshots/parent /snapshots/child
получаете стрем, которые отправляете на backup сервер и разворачиваете:
btrfs receive /backup/snapshots
https://serverfault.com/questions/399894/does-btrf...