Решение содержится в тэгах к вопросу - cookie. Ставить и читать куки можно так (взято из интернета):

function getCookie(c_name){
    var i,x,y,ARRcookies=document.cookie.split(";");
    for (i=0;i<ARRcookies.length;i++)
    {
        x=ARRcookies[i].substr(0,ARRcookies[i].indexOf("="));
        y=ARRcookies[i].substr(ARRcookies[i].indexOf("=")+1);
        x=x.replace(/^\s+|\s+$/g,"");
        if (x==c_name)
        {
            return unescape(y);
        }
    }
}

function setCookie(c_name,value,exdays){
    var exdate=new Date();
    exdate.setDate(exdate.getDate() + exdays);
    var c_value=escape(value) + ((exdays==null) ? "" : "; expires="+exdate.toUTCString());
    document.cookie=c_name + "=" + c_value;
}

Т.е. на клик по "закрыть попап" делаем
setCookie('popup', 1, 7);

А перед его отображением проверяем ее наличие

if ( ! getCookie('popup')) {
    ...
}

Но проверку налиия куки советую производить на серверной стороне, дабы не отдавать ненужный код пользователю без необходимости.

Если есть возможность залезть в код PHP-части проекта, то, на вскидку, могу предложить два варианта:
1. На стороне PHP реализовать REST API и работать уже с ним;
2. Использовать какую-нибудь очередь сообщений - rabbitmq, gearman. Опять же, на PHP-части придется реализовать обработчика сообщений, который будет предоставлять данные из базы.

Еще один, костыльный вариант - организовать тоннель (хоть на том же php) - habrahabr.ru/post/70381

Не являюсь специалистом по nginx, но можно. Для примера (думаю, вложенный location можно обойти):

server {
    ...

    location / {
        location ~* ^/$ {
            return 301 $scheme://subdomain.example.com/;
        }

        ...
    }

}