Цитата из документации PuTTYThe default setting is `Auto', which means PuTTY will do something
sensible and try to guess which protocol you wanted. (If you specify
a literal Internet address, it will use whichever protocol that
address implies. If you provide a hostname, it will see what kinds
of address exist for that hostname; it will use IPv6 if there is an
IPv6 address available, and fall back to IPv4 if not.)
Это однозначно говорит о том, что он поддерживает ipv6.
Так как полезной информации в вопросе кот наплакал, то и ответ будет общим. Подозреваю, что ipv6 у вас не настроен. Поэтому вот вам пару ссылок (глубоко не вчитывался, но должно помочь):
Настройка IPv6/Teredo в Windows 7,8IPv6, не дожидаясь провайдера
