Смотри functions.php
Там должно быть что-то подобное
function display_element($element, &$children_elements, $max_depth, $depth = 0, $args, &$output) { // вывод элемента
if ( $element->current ) $element->classes[] = 'active'; // если элемент активный надо добавить бутстрап класс для подсветки
$element->is_dropdown = !empty( $children_elements[$element->ID] ); // если у элемента подменю
if ( $element->is_dropdown ) { // если да
if ( $depth === 0 ) { // если li содержит субменю 1 уровня
$element->classes[] = 'dropdown'; // то добавим этот класс
if ($this->open_submenu_on_hover) $element->classes[] = 'show-on-hover'; // если нужно показывать субменю по хуверу
} elseif ( $depth === 1 ) { // если li содержит субменю 2 уровня
$element->classes[] = 'dropdown-submenu'; // то добавим этот класс, стандартный бутстрап не поддерживает подменю больше 2 уровня по этому эту ситуацию надо будет разрешать отдельно
}
}
parent::display_element($element, $children_elements, $max_depth, $depth, $args, $output); // вызываем стандартный метод родителя
}