Обычно переменные Vue и переменные бэкенда не встречаются совсем уж рядом, поэтому можно Vue блоки выделять в "raw" блоки, в которых не идет обработка синтаксиса Jinja:
<h1>{{ JinjaVariable }}</h1>
{% raw %}
<div>
{{ VueJsVariable }}
</div>
{% endraw %}
