/home на отдельный раздел. ВО время переустановки / форматировать, /home — нет, только примонтировать. На этапе выбора имени пользователя можно поступить по-разному: 1 — просто создать такое же имя пользователя и тогда у Вас все настройки сохранятся вплоть до настроек рабочего стола и окружения. Так же останутся настройки тех приложений, которыми Вы пользовались, а в новой системе они еще не установлены. Как только Вы их установите, все настройки подхватятся.
2 способ — Создайте другого пользователя. При загрузке у Вас будет чистая система, без соплей от старой. Потом со старого пользователя перетягивайте папки с теми настройками, которые Вам нужны. Как бы начало с чистого листа, но с оговорками :)