Если обновляете одно конкретное свойство, используйте следующий метод:
\CIBlockElement::SetPropertyValues($elementId, $iblockId, $propertyValue, $propertyCode);
При этом, если свойство множественное, то $propertyValue должен содержать массив всех значений свойства.
Если же хотите обновить сразу несколько свойств, используйте метод:
\CIBlockElement::SetPropertyValues($elementId, $iblockId, $propertyValues, false);
При этом, массив $propertyValues представляет собой пары вида "Код свойства" => "Значение/значения свойства".
Для более глубокого понимания работы метода ознакомьтесь с примерами и замечаниями в документации:
https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/c... 