0) вы сами ещё не путаетесь, что есть shows, а что - views? На мой взгляд это синонимы.
1) если у вас связь 1:1, то почему оба id сделаны AI?
2) работать стало медленнее - в цифрах, с расстановкой, с измерением, который из запросов стал требовать больше ресурсов.
3) вопросы по производительности select'а без explain'а задавать неправильно. explain update - понимаю, только в mysql5.6 появился, ещё могли не обновиться.
4) Зачем вообще два апдейта?
UPDATE site_ctr SET shows = shows + 1, ctr = (views/(shows+1)) WHERE id IN ($ids);
PS: не придираюсь