На самом деле я не согласен с vlad20012. Java не такая уж и слоная)

Многие веб приложения состоят из следующих частей:
DAO - слой для доступа к данным. для вас это скорее всего будет база данных, по этому вам будет желательно изучить следующие технологии: jdbc - пишите sql запросы к бд и получаете результат(нативный sql), и какую нибудь ORM технологию, самая популярная это Hibernate.

Далее идет слой сервисов - это так называемый слой бизнес логики. Чтобы было понятно для примера в нем могут объединяться вызовы методов из DAO под одной транзакцией.

ну а далее идет UI в вашем случает это веб слой - набор сервлетов и jsp файлов. сервлеты принимают http запросы вызывают бизнес логику для работы и отдают ответ. Если ответ это хтмл то вам понадобится какой нибудь движок для генерации хтмл. по умолчанию это jsp, но есть еще куча шаблонизаторов.

а теперь о плюшках. Есть такая хорошая штука как spring framework. в вашем случае она поможет вам на всех этапах разработки. для изучения есть очень хорошая книжка spring in action 3 издание.

ну и конечно придется научиться пользоваться системой сборки, либо maven либо gradle.

кстати каждый слой лучше выделять в отдельный модуль(подпроект) в системе сборки.