Вам нужно создать единую точку входа в приложение, как уже писали выше, с помощью mod_rewrite (не забыв его при этом включить в модулях apache):
RewriteEngine On
RewriteRule ^(.*)?$ index.php?q=$1&%{QUERY_STRING} [L]
Таким образом, все запросы пойдут на index.php, например:
domain.com/user.name -> index.php?q=user.name
domain.com/profile/edit/?saved=true -> index.php?q=profile/edit/&saved=true
Далее распарсить $_GET["q"] и выбрать нужное действие - дело техники.
Советую почитать эту статью -
habrahabr.ru/post/31270
Она довольно древняя, но в ней очень наглядно показывается суть MVC, и кроме того, поэтапно решается то, что Вам нужно.
