Можно использовать вот такой однострочник для копирования
for file in $( git diff --name-status branch1 branch2 | cut -f 2 ); do cp $file deploy/$file; done;
cut "вырежет" из строк второе поле, содержащее относительный путь до файла.
for будет в цикле проходить по полученным file и выполнять cp.
