3D - 3Dmax, blender. Советую последний, так как он бесплатный, но по функционалу не уступает своим аналогам, если верить комментариям в сети. Первым никогда не пользовался.
в blender и 2d можно делать, к слову)
Для мультфильмов 2d могу только флеш последний посоветовать (Вроде flesh animator называется, не помню, честно говоря) и anime studio. Первый проще, второй сложнее, обо опробовал, выбирайте, что вам ближе.