1. Вообще вопрос из разряда "Критикуя предлагай". Кто говорит, что говорит это уже третье. Если сами чувствуете, что модель можно проредить, что-то выкинуть в класс API для этой модели, то делайте.
2. В интеграции PayPal нет бизне-логики, это глупости. Но вот методы запросов можно хранить в одном классе, а конфигурации в другом, использования данных в третьих.
3. Почему нет папки? Потому что. Это не значит что нужно слепо следовать какой либо парадигме, это просто кто-то когда так придумал.
Вы должны сами почувствовать где что должно лежать и как. У меня средний класс занимает до 500 строк.